Μετά το τέλος της εικονομαχίας και την αναστήλωση των ιερών εικόνων, με αίτηση του Πατριάρχη Μεθοδίου (842 – 846 μ.Χ.) στους βασιλείς Μιχαήλ και Θεοδώρα , ενεκρίθη η ανακομιδή του λειψάνου του Αγίου Νικηφόρου στη βασιλεύουσα και αναγνωρίστηκε σαν ένας από τους ενδοξότερους αθλητές της Ορθοδοξίας.
Μάλιστα, η βασίλισσα παραχώρησε και βασιλικό πλοίο, με το οποίο ο Πατριάρχης Μεθόδιος παρέλαβε το λείψανο του Αγίου Νικηφόρου (το όποιο για 19 χρόνια έμεινε ακέραιο και άθικτο). Κατά την επιστροφή, μεγάλο πλήθος λαού και επισήμων κάλυπτε την παραλία. Το άγιο λείψανο κατετέθη με ιερή πομπή στο ναό των Αγίων Αποστόλων (13 Μαρτίου 846 μ.Χ.).